JĀNIS APEINIS absolvējis Jāzepa Vītola Latvijas Mūzikas akadēmijas Vokālo nodaļu (2002) un maģistrantūru (2004) pie prof. Arvīda Imanta Lustes. Apmeklējis meistarklases pie Rašeles Šulovas (1999), Aksela Bauni (2002), Rolando Panerai (2002) un Toma Krauses (2011). Kopš 2004. gada Jānis Apeinis papildina vokālo meistarību Margaritas Gruzdevas vadībā.